化妆品无菌车间在布局上，要考虑交叉污染的问题，化妆品的在自然环境中，随着温度湿度的变化，会导致化妆品的原料、配料的一个质变，还有生产过程中，会产生较多的粉尘、细菌、灰尘等，所以化妆品整个生产过程，是对洁净度要求非常高的。

在整个化妆品无菌车间的布局上，要考虑以上问题，做好车间的设计布局，例如原料间、制作间、灌包间、成品/半成品存放间、成品仓库、检验室、更衣室、缓冲间、办公室、消毒洗消间等功能区域，要做好布局，才能防止交叉污染。化妆品生产过程中产生粉尘或者使用有害、易燃、易爆原料的产品必须使用单独生产车间，制作、灌装、包装间总面积不得小于100平方米,人均占地面积不得小于4平方米,车间净高不得小于2.5米。

在洁净净化方面，化配置储存间、灌装间、清洁容器储存间、更衣间、缓冲区域都要有空气净化或者空气消毒设施，才能确保化妆品无菌车间的生产环境是符合洁净度要求的。